जूनागढ़ किले के निर्माण की शुरुआत 1478 में राव बीका द्वारा की गई थी। पहले यह चट्टान का बना एक किला था
बीकानेर के इस किले को सुरक्षित रखने के लिए इसके चारों ओर वर्तमान में स्थित जूनागढ़ किले का निर्माण करवाया गया।
बीकानेर शहर 1472 में स्थापित किया गया था और यह शक्तिशाली किले के चारों ओर फैला हुआ है।
इतिहास की माने तो जूनागढ़ किले पर कई बार आक्रमण हुआ लेकिन सिर्फ एक शासक को छोड़कर बाकी सभी इस किले को हासिल करने में विफल रहे।
बाबर के पुत्र कामरान मिर्जा 1534 में राव जैत सिंह के शासन के दौरान सिर्फ एक दिन के लिए जूनागढ़ के किले पर कब्ज़ा कर पाया था।
इसके बाद अपने छठे शासक राजा राय सिंह के शासन काल में बीकानेर शहर का विकास हुआ। जिन्होंने 1571-1611 तक यहां शासन किया था।
बाद में राजा राय सिंह ने मुग़ल शासन को स्वीकार कर लिया और उन्होंने अकबर और जहाँगीर के शासन में उच्च पद हासिल कर लिया।
कई युद्ध में जीत हासिल करने के बाद राजा राय सिंह की काफी तारीफ की गई जिसके बाद उन्हें कई जागीरें दीं गई।